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Takumi Nishijo est une personne vivante dans un conteneur, il est nullement intéressé par le monde réel. Un jour, son ami Misumi lui parle d'une série de meurtre ayant lieux dans le quartier où il vit, il appelle cette série New Generation. Takumi bavarde sur un forum avec un dénommé "Le Shogun" qui lui montre toutes une liste d'image dépeignant le meurtre d'un homme dans une ruelle, crucifié sur le mur. Horrifié, il décide de se réfugier dans le cybercafé le plus proche. En rentrant chez lui, il est horrifié par la vue qui s'offre à lui

Takumi craint de perdre la tête après avoir découvert que la jeune fille aux cheveux roses qu'il avait vue sur les lieux du crime était assise à côté de lui en classe. Pour ne rien arranger, quelqu'un n'arrête pas de fouiner chez lui.

Un flash-back glaçant sur une tragédie survenue dans sa jeunesse éclaire la vie solitaire de Takumi. De retour dans le présent, il assiste à un concert donné par un artiste clairvoyant.

Hanté par des visions de jeunes filles armées d'épées, Takumi se met en quête d'une arme pour lui-même. Sa recherche effrénée est compliquée par la visite inattendue de la police.

Alors que la police poursuit son enquête à son sujet, Takumi découvre les secrets du Di-Sword grâce à Ayase, et un ami virtuel lui envoie une vidéo qui apporte un éclairage nouveau sur l'affaire New Gen.

Alors que Takumi peine à maîtriser le pouvoir de son propre Di-Sword, il en vient à compter de plus en plus sur la présence apaisante de Rimi, tandis qu'un appel téléphonique énigmatique ébranle la ville jusqu'au plus profond d'elle-même.

Takumi est sauvé d'un groupe de voyous à la solde d'un commanditaire par un camarade de classe doté de pouvoirs télépathiques. À son réveil, il découvre l'identité du cerveau maléfique à l'origine du tremblement de terre.

Le Trio Gigalomaniac se lance dans une mission audacieuse visant à détruire Noah II, mais leur ennemi a toujours une longueur d'avance et tend une embuscade aux héros en herbe en leur renvoyant leurs pires cauchemars.

Yua se rend au commissariat avec des informations concernant Takumi, qui reçoit un appel à l'aide inquiétant de la part de sa petite sœur. Pendant ce temps, un nouvel incident lié à la « New Gen » se produit !

Takumi prend conscience de la terrible vérité qui se cache derrière son existence tourmentée, Yua est confrontée au fantasme de sa sœur décédée, et Rimi tente de sauver Nanami.

Le Général et Takumi se rencontrent face à face pour discuter de leur destin commun. Plus tard, après avoir réveillé son Di-Sword, Takumi s'enfonce sous terre pour un affrontement décisif contre un gigalomane artificiel !

Takumi prend enfin conscience de sa destinée ultime : détruire Noah II. Mais avant cela, il doit vaincre l'illusion de la peur et vaincre l'homme qui se dresse sur son chemin.